科学警备队队员光超一郎从宇宙空间站EGG3前往地球的途中与不明宇宙人遭遇，自称为"奥特曼"的宇宙人告诉他地球上的各种怪兽与超自然现象危机迫在眉睫，但奥特曼无法以宇宙人的身姿在地球上长期生活，所以便借用光超一郎的身体与之合为一体，并可以用"闪光之星"来随时变身，使人类得以应付即将到来的各种危机…作为奥特曼系列的动画版，比起特摄片有固有的优势。在这里，主角可以做以前奥特曼们无法完成的特技。同时在一话中可以有数个奥特曼和怪兽登场，而不用额外的开销。而且，怪兽的设计者们不用再被这个时代"怪兽的皮套需要适应人的体型"这一技术条件所限制。因此，他们的创造力可以无限发挥。
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